Переустановка WSUS с чистой базой данных, без данных предыдущей конфигурации. Запустите Powershell как Администратор и выполните следующие команды:
Uninstall-WindowsFeature -Name UpdateServices,Windows-Internal-Database -Restart
Роль удалится, сервер перезагрузится. После перезагрузки, удалите ВСЕ из папки C:\\Windows\\WID (актуально для Win 2012 R2). После этого запустите следующую команду в консоли Powershell, которая установит роль WSUS:
Install-WindowsFeature UpdateServices -Restart
Это работает для Powershell 3 и выше.