После настройки openvpn клиента, блокировки Роскомнадзора все равно срабатывали. Выяснилось что менеджер сетевых соединений Network Manager в Ubuntu использует свой встроенный dns.
Из-за этого не работали dns сервера, которые я прописывал. Для отключение этой функции, воспользуемся советом со Stackoverflow:
sudo vim /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf
В файле закоментировать строку:
#dns=dnsmasq
Сделать перезапуск Network Manager
sudo systemctl restart NetworkManager